Alain Gagnieux est l’auteur notamment d’Étrangers de chez nous - L’immigration dans le Doubs et à Colombier-Fontaine (1850-1950) (Conseil général du Doubs) et chez L’Harmattan : Chronique des jours immobiles - Les « nomades » internés à Arc-et-Senans (1941-1943) ; L’ombre d’Éloïse - Enquête autour d’une lle de la Bresse comtoise (1877-1962).